Od 1.1.2011 začal platit nový daňový řád, kteý se svými 265 (oproti původním 80) paragrafy přinesl řadu změn. Velmi podrobně upravuje daňové řízení a přináší změny v postupu správců daní.

Pokuta za opožděné podání daňového přiznání

Nový daňový řád zavádí pokutu za opožděné podání daňového přiznání a upravuje přesný způsob výpočtu její výše. V případě zpoždění delšího než 5 pracovních dnů bude automaticky účtována pokuta ve výši 0,05% vyměřené daně nebo nadměrného odpočtu, resp. 0,01% daňové ztráty (maximální limit je nicméně 5% daně, nadměrného odpočtu nebo ztráty).

Nemožnost podat „odvolání proti vlastnímu podanému přiznání“

V novém daňovém řádu je zrušena možnost podávat tzv. odvolání proti vlastnímu daňovému přiznání. Daňové subjekty tak pčijdou o nástroj, který jim alespoň v omezené míře umožňoval získat právní jistotu ohledně správnosti či nesprávnosti daňové povinnosti, kterou si sami vypočetly a uvedly v řádném nebo dodatečném daňovém přiznání.

Podání dodatečného  daňového  přiznání na daň nižší

Daňový řád přináší nově upravené podmínky pro podávání dodatečných daňových přiznání na daň nižší, resp. na daňovou ztrátu vyšší. Podle těchto nově stanovených podmínek bude třeba, aby vyšly najevo nové skutečnosti nebo důkazy, které nasvědčují tomu, že daň byla stanovena v nesprávné výši.

Lhůta pro stanovení daně: „3+“

Nový  daňový řád stanovuje tzv. prekluzivní lhůta (nově „lhůta pro stanovení daně“), která se bude  počítat ode dne uplynutí lhůty pro podání řádného daňového přiznání, nikoli tedy od konce zdaňovacího období, v němž daňová povinnost vznikla. Dále byl sestaven přesný seznam skutečností, které mají za následek prodloužení nebo přerušení lhůty pro stanovení daně. Lhůtu pro stanovení daně bude i nadále přerušovat zahájení daňové kontroly. Stávající znění daňového řádu i nadále počítá s tříletou lhůtou pro stanovení daně. .

Změny při provádění daňové kontroly

Při zahájení daňové kontroly podle daňového řádu bude správce daně muset přesně vymezit rozsah, v jakém bude kontrolu provádět, a toto vymezení bude moci v průběhu daňové kontroly dle potřeby upravit. Pokud by správce daně později zahájil daňovou kontrolu téhož zdaňovacího období, ale v jiném rozsahu, nebude se jednat o opakování daňové kontroly, ale o provádění daňové kontroly v nově vymezeném rozsahu. Pro opakování daňové kontroly v již dříve kontrolovaném rozsahu pak daňový řád stanoví přesné podmínky, a to buď zjištění nových skutečností nebo podání dodatečného daňového přiznání. Kontrolu však bude moci opakovat jen ve vztahu k nově zjištěným skutečnostem nebo ve vztahu k důvodu pro podání dodatečného daňového přiznání. Průběh daňové kontroly bude správce daně oprávněn zaznamenávat i audiovizuálně.

Platba daní

Za den úhrady se bude, stejně jako od 1. listopadu roku 2009, považovat den připsání platby na účet správce daně. Podle daňového řádu však bude úrok z prodlení v případě opožděné úhrady daně účtován až od pátého pracovního dne po dni splatnosti daně. Daňový řád se tak snaží ponechat dostatečný prostor (4 pracovní dny) k provedení plateb na daních.

 Promíjení příslušenství daně z důvodů tvrdosti zákona již nebude možné

Obecná možnost promíjení příslušenství jakékoli daně z důvodů tvrdosti zákona tak, jak ji známe dnes, nebyla daňovým řádem převzata. O prominutí příslušenství daně z důvodů tvrdosti zákona podle stávajících pravidel je možné požádat nejpozději do 31. prosince 2010. Od ledna příštího roku pak bude možné žádat o prominutí daně nebo příslušenství pouze v případech stanovených ve zvláštních zákonech, tj. v současné době v případech vymezených v zákoně o dani dědické, dani darovací a dani z převodu nemovitostí, nebo v zákoně o rozpočtových pravidlech. Samotný daňový řád umožňuje správci daně prominout pouze úrok z posečkané částky v případě povolení posečkání s úhradou daně. Daňový řád konečně dává ministrovi financí možnost prominout daň nebo její příslušenství plošným rozhodnutím všem daňovým subjektům v případě mimořádných, především živelných událostí nebo v případě nesrovnalostí vyplývajících z uplatňování daňových zákonů.