Všichni plátci DPH musí měsíčně (poprvé již do 25.2.2016) podávat kontrolní hlášení. Bohužel má speciální úpravu a pro toto hlášení neplatí stejná pravidla jako pro daňová přiznání. Kontrolní hlášení nebude možné podat opožděně v rámci tolerované pětidenní lhůty bez pokuty. Pět pracovních dnů je lhůta pro podání, opravy a doplnění kontrolního hlášení, pokud si plátce zjistil nesprávnost či neúplnost původního kontrolního hlášení sám. Toto následné kontrolní hlášení obsahuje kompletní údaje, ne jenom rozdílové hodnoty. Pokud správce daně vyzve plátce ke změně či doplnění nesprávných nebo neúplných údajů, pak se dostáváme ke lhůtě pěti kalendářních dnů.